Những lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp FDI quyết toán thuế

Nhiều quy định mới về quyết toán thuế cho doanh nghiệp FDI

Năm 2025 ghi nhận nhiều thay đổi quan trọng trong chính sách thuế, trong đó có chính sách thuế liên quan đến doanh nghiệp (DN) đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI).

Đáng chú ý. Luật Thuế thu nhập DN (TNDN) sửa đổi đã mở rộng phạm vi điều chỉnh đối với các DN nước ngoài có hoạt động kinh doanh trên nền tảng số và thương mại điện tử tại Việt Nam.

Theo quy định mới, DN nước ngoài phát sinh thu nhập tại Việt Nam, kể cả thông qua nền tảng số, đều phải thực hiện nghĩa vụ kê khai và nộp thuế theo quy định của pháp luật Việt Nam.

Khái niệm "cơ sở thường trú" cũng được mở rộng, bao gồm cả các nền tảng số thực hiện cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho thị trường Việt Nam, qua đó tăng cường cơ sở pháp lý để quản lý thuế đối với các hoạt động kinh doanh xuyên biên giới.

Liên quan đến xác định thu nhập chịu thuế, luật mới bổ sung một số khoản thu nhập phải kê khai thuế, trong đó có các khoản thu nhập nhận dưới hình thức quà tặng là hàng hóa hoặc dịch vụ không phải thanh toán, cũng như các khoản hỗ trợ, tài trợ bằng dịch vụ. Những khoản này được xác định là thu nhập khác và thuộc diện phải tính thuế TNDN theo quy định.

Một điểm đáng chú ý khác là việc siết chặt điều kiện áp dụng ưu đãi Thuế TNDN đối với các dự án đầu tư quy mô lớn. Đối với các dự án đầu tư mở rộng, quy định mới cũng làm rõ cơ chế áp dụng ưu đãi thuế.

Theo đó, phần thu nhập tăng thêm từ dự án mở rộng có thể tiếp tục được hưởng ưu đãi theo dự án đầu tư ban đầu nếu dự án này vẫn còn thời hạn ưu đãi mà không cần phải hạch toán riêng. Trong trường hợp dự án ban đầu đã hết thời hạn ưu đãi, dự án mở rộng có thể được xem xét áp dụng chính sách ưu đãi như đối với dự án đầu tư mới theo quy định hiện hành.

Bên cạnh các nội dung liên quan đến Thuế TNDN, nhiều quy định mới trong lĩnh vực thuế giá trị gia tăng, xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn điện tử, quản lý rủi ro trong quản lý thuế cũng như các quy định về kế toán và kiểm toán độc lập đang được cập nhật.

Lưu ý quy định chuyển tiếp

Theo bà Nguyễn Thị Thùy Dương, Tổng Giám đốc Công ty TNHH Dịch vụ tư vấn thuế Hinh Lam, Phó Chủ nhiệm CFO VSIP - Câu lạc bộ Giám đốc Tài chính Việt Nam (CFO Vietnam), trong kỳ quyết toán thuế (QQT) năm 2025, các DN cần đặc biệt lưu ý các quy định chuyển tiếp để bảo đảm việc áp dụng chính sách thuế được chính xác.

Đơn cử, Luật Thuế TNDN 2025 có hiệu lực từ 1/10/2025, nhưng được áp dụng cho cả kỳ tính thuế năm 2025. Vì vậy, DN cần rà soát lại các hợp đồng đang thực hiện dở dang, đặc biệt là các hợp đồng ký trước thời điểm ngày 1/10/2025 nhưng kéo dài sang năm 2026, nhằm đánh giá xem các điều khoản có phát sinh xung đột với các quy định mới về xác định doanh thu và chi phí theo Luật Thuế TNDN năm 2025 hay không.

Bên cạnh đó, bà Dương cũng cần hạch toán tách biệt, dù quyết toán cho cả năm 2025, nhưng việc duy trì hệ thống sổ sách có khả năng tách xuất dữ liệu trước và sau mốc ngày 1/10/2025 sẽ giúp DN dễ giải trình, dễ thuyết phục hơn khi cơ quan thuế thanh tra về tính hợp lý của chi phí phát sinh trong giai đoạn giao thoa đó.

Một nội dung khác cộng đồng DN FDI cần đặc biệt quan tâm là những thay đổi liên quan đến chi phí được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế theo quy định mới. Theo các chuyên gia, một số khoản chi có tính chất "nhạy cảm" có thể tiềm ẩn rủi ro bị cơ quan thuế điều chỉnh nếu DN không có đầy đủ căn cứ chứng minh.

Trong đó, chi phí dịch vụ nội bộ trong tập đoàn được xem là một trong những rủi ro phổ biến. Trên thực tế, nhiều DN phát sinh các khoản phí quản lý, phí tư vấn hoặc hỗ trợ kỹ thuật từ công ty mẹ hoặc các đơn vị liên kết ở nước ngoài. Tuy nhiên, nếu DN tại Việt Nam không chứng minh được lợi ích kinh tế trực tiếp từ các khoản chi này, cơ quan thuế có thể xem xét loại khỏi chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

Chi phí lãi vay cũng là một nội dung cần được DN lưu ý, đặc biệt trong bối cảnh cơ quan quản lý đang tăng cường kiểm soát các giao dịch liên kết. Việc xác định trần chi phí lãi vay theo mức 30% EBITDA (lợi nhuận trước lãi vay, thuế và khấu hao) theo quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP đôi khi phát sinh khác biệt trong cách xác định lợi nhuận thuần giữa chuẩn mực kế toán và cách tính của cơ quan thuế, từ đó có thể dẫn đến sai lệch trong kê khai.

Các DN cần chủ động rà soát hồ sơ kế toán - thuế, có thể thông qua các dịch vụ kế toán, kiểm toán, tư vấn thuế chuyên nghiệp để "tầm soát" hồ sơ khai thuế, báo cáo quyết toán thuế của DN mình. Nhất là đối với các DN FDI, các tập đoàn đa quốc gia, sự chuẩn bị này càng phải làm sớm hơn nữa để đáp ứng các yêu cầu về tiến độ, thời gian rà soát, đối chiếu hồ sơ thuế trên toàn cầu, nhằm chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế năm 2025 một cách chủ động, mang tính chiến lược trong quản trị rủi ro về thuế - kế toán hơn là tìm cách đối phó, chạy theo xử lý những tình huống sai sót không đáng có….

Ngoài ra, các khoản chi liên quan đến người lao động như phúc lợi, bảo hiểm tự nguyện hoặc tiền thưởng nếu không được quy định cụ thể trong hợp đồng lao động hoặc thỏa ước lao động tập thể cũng có nguy cơ không được tính vào chi phí được trừ. Bên cạnh đó, các quy định mới trong năm 2025 cũng yêu cầu mức độ minh bạch cao hơn đối với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Từ những "rủi ro" tiềm ẩn trên, chuyên gia khuyến nghị DN FDI cần chủ động rà soát toàn diện hệ thống quản trị thuế để thích ứng với môi trường chính sách mới. Trước hết, hệ thống dữ liệu kế toán cần được chuẩn hóa, đặc biệt là khả năng phân tách rõ ràng giữa thu nhập chịu thuế và thu nhập được miễn, giảm thuế theo từng dự án hoặc từng dòng sản phẩm.

Bên cạnh đó, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết cần được lập đồng thời với quá trình quyết toán thuế, thay vì chỉ thực hiện khi phát sinh hoạt động thanh tra, kiểm tra. Hồ sơ này phải thể hiện đầy đủ cơ sở xác định giá đối với các giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ hoặc tài sản giữa các bên có quan hệ liên kết trong tập đoàn.