Hồi đầu tháng 5/2017, khi trả lời câu hỏi của báo chí tại buổi họp báo thường kỳ Chính phủ, Bộ trưởng - Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Mai Tiến Dũng thông tin Thủ tướng đã giao Bộ Nội vụ xem xét, tham mưu cho Ban cán sự Đảng Chính phủ xử lý về chức danh Chủ tịch Liên minh Hợp tác xã Việt Nam mà ông Cự đang nắm giữ, sau khi Ban Bí thư T.Ư Đảng thống nhất cách mọi chức vụ trong Đảng mà ông Cự từng nắm giữ hồi còn làm ở Hà Tĩnh, do liên quan đến sự cố môi trường biển mà Formosa gây ra.

Cũng theo nguồn tin này, ông Nguyễn Ngọc Bảo, Phó ban Kinh tế T.Ư, đang được làm quy trình để thay thế vị trí mà ông Võ Kim Cự để lại. Tuy nhiên, nguồn tin không cho biết lý do ông Võ Kim Cự được cho thôi chức.

Trước đó, Theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Ban Chỉ đạo đổi mới, phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã, ông Võ Kim Cự làm Phó trưởng Ban.

Sáng 7/9, tại trụ sở Chính Phủ, Ban chỉ đạo đổi mới và phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã ra mắt.

Theo đó, Ban Chỉ đạo đổi mới, phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã do Phó thủ tướng Vương Đình Huệ làm trưởng ban.

Ba phó trưởng ban gồm: Bộ trưởng Kế hoạch Đầu tư Nguyễn Chí Dũng, Bộ trưởng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Nguyễn Xuân Cường và Chủ tịch Liên minh Hợp tác xã Việt Nam ông Võ Kim Cự (mặc dù ông Cự vừa bị Ban bí thư cách chức ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy Hà Tĩnh nhiệm kỳ 2005-2010 và nhiệm kỳ 2010-2015 do có nhiều sai phạm liên quan đến sự cố Formosa gây ô nhiễm biển miền Trung).