Cụ thể, Bộ Công Thương cho rằng, việc xếp loại doanh nghiệp loại A năm 2010 và năm 2011 đối với Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam là theo thẩm quyền và đảm bảo quy định.

Còn việc cơ quan thuế kiểm tra và ban hành các quyết định xử phạt vi phạm trong việc chấp hành pháp luật thuế đối với 31 công ty xăng dầu thành viên, nhưng các quyết định xử phạt hành chính này đều xảy ra sau thời điểm nộp báo cáo xếp loại doanh nghiệp nên không thực hiện hồi tố để xếp loại cho doanh nghiệp đã được xếp loại năm 2010, 2011.

"Các quyết định này sẽ được làm căn cứ xếp loại doanh nghiệp năm 2012," đại diện Bộ Công Thương cho hay.

Liên quan đến việc xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân và các công ty đã để xảy ra các tồn tại, vi phạm trong việc quản lý, sử dụng vốn, tài sản, quản lý hoạt động kinh doanh nêu trong Kết luận thanh tra số 1571/KL-TTCP của Thanh tra Chính phủ, Bộ Công Thương đã yêu cầu Petrolimex tập trung thực hiện kết luận trên.

Mặc dù Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam đã có báo cáo về việc thực hiện Kết luận thanh tra. Tuy nhiên, theo Bộ Công Thương vẫn còn một số nội dung chưa được triển khai thực hiện. Vì vậy, ngày 5/12/2016, Bộ Công Thương đã có công văn yêu cầu Petrolimex tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo kết luận thanh tra.

Lãnh đạo Chính phủ đồng ý với nội dung kiến nghị của TTCP tại văn bản 1571/KL-TTCP; yêu cầu Bộ Công Thương, Bộ Tài chính, Bộ Công an, UBND TP Hải Phòng, Petrolimex theo chức năng, nhiệm vụ tổ chức thực hiện các nội dung kiến nghị của TTCP, báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả trong quý II/2016.

Bộ trưởng Bộ Công Thương cũng đã có công văn nghiêm khắc phê bình Petrolimex chậm trễ trong việc thực hiện các nội dung kiến nghị của Thanh tra Chính phủ và yêu cầu khẩn trương thực hiện đầy đủ nghiêm túc các kiến nghị của Thanh tra Chính phủ.

Đầu tháng 1/2017, Hội đồng quản trị, Ban Tổng giám đốc Petrolimex đã tổ chức kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân theo kết luận luận của Thanh tra Chính phủ dưới sự chứng kiến của Bộ Công Thương.

Theo Bộ Công Thương, Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam đã thực hiện theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và các kiến nghị tại Thông báo số 2280/TB-TTCP của Thanh tra Chính phủ và đã kiểm điểm trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến khuyết điểm, thiếu sót.

"Qua kiểm điểm đã xác định được nguyên nhân, trách nhiệm của các tập thể và cá nhân liên quan và đề ra biện pháp khắc phục. Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam đã nghiêm túc rút kinh nghiệm trong quản lý điều hành theo kết luận của Thanh tra Chính phủ đồng thời chỉ đạo, quán triệt các đơn vị thành viên nghiêm túc triển khai thực hiện," đại diện Bộ Công Thương cho biết.

Trước đó, Thanh tra Chính phủ (TTCP) đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo liên Bộ Công Thương - Tài chính cùng Petrolimex tổ chức kiểm điểm, khắc phục những thiếu sót, tồn tại và kiến nghị xử lý tài chính hơn 1.191 tỷ đồng và 310 nghìn USD.

Kết luận cũng chỉ ra, năm 2008, ông Nguyễn Đạo Thịnh, Tổng Giám đốc Cty Vipco ký hợp đồng hợp tác đầu tư và Hợp đồng dịch vụ, chuyển trên 72,5 tỷ đồng vào tài khoản chung do Cty TNHH Thương mại - Dịch vụ - Sản xuất Thiên Lộc Phú làm chủ tài khoản, sau đó có văn bản cho phép Cty này rút hơn 21,1 tỷ đồng không có căn cứ, số tiền rút ra không được sử dụng vào việc thực hiện hợp đồng và hoạt động của Cty, đến nay còn lại trên 18,6 tỷ đồng không thu hồi được.

Ngoài ra, ngày 10/4/2008, ông Thịnh và ông Vũ Quang Khánh, Kế toán trưởng Cty Vipco còn chuyển 483 triệu đồng vào tài khoản cá nhân của bà Nguyễn Thị Mỹ Dung, thuộc Cty Thiên Lộc Phú với nội dung trả các loại phí liên quan đến dịch vụ nhận tiền từ nước ngoài, hiện vẫn chưa thu hồi được. Tổng số tiền trên 19,1 tỷ đồng của Cty Vipco không sử dụng cho việc thực hiện hợp đồng và không sử dụng vào hoạt động kinh doanh của Cty Thiên Lộc Phú là biểu hiện hành vi chiếm đoạt tài sản.

Bộ Công Thương đã có Văn bản số 2945 ngày 5/4/2016 yêu cầu Petrolimex tổ chức họp kiểm điểm cá nhân, tập thể và các Cty để xảy ra các tồn tại vị phạm đã nêu trong kết luận thanh tra. Việc kiểm điểm và xử lý trách nhiệm gắn với việc hoàn thiện các quy định của pháp luật và quy chế kinh doanh xăng dầu, quy định về quản lý bán hành đối với doanh nghiệp tại Tập đoàn.